故事设定在工藤新一被逼吃药变小之前，舞台则是兰和新一小两口甜蜜的高中生生活。
故事简介：
以敏锐推理能力解决无数困难案件的帝丹高中二年级学生工藤新一，被誉为高中生名侦探。他不仅经常成为报纸头号新闻标题，帝丹警视厅的目暮警官（西村雅彦）也常向他寻求援助。
一天，帝丹高中组织为期三日的修学旅行，而在出行前一天，新一收到了一封挑战书：“修学旅行中，我将绑架你的同学。只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生名侦探’的名号。提示是船上。
旅行时，游船的乘客除新一班级的30名学生之外，还有代理班主任北岛慎吾（ふかわりょう），导游西田麻衣（水川あさみ），以及船长东邦夫（松重丰）和船员南田恭介（西村和彦）。第一天，小兰的好友铃木园子（岩佐真悠子）由于晕船被送到休憩室休息。但众人离开不久就听到激烈的水花声，当新一他们赶到时，园子已失踪，室内也发现留有搏斗的痕迹。
接手此案的县警多摩川刑警（伊武雅刀）召开了搜查会议。由于园子是铃木财团的千金，极有可能被绑架勒索赎金。警方安排学生们住进了游船码头附近的酒店。而小兰也打电话向毛利小五郎求助，希望父亲能从案件的蛛丝马迹中找出凶手。谁知犯人竟然再次打来第二个绑架预告电话：“明天中午，会再带走一个人…”
所有人都被集中到酒店大堂，出入口统统上锁，多摩川刑警指挥的县警们也集结待命。就在这一片紧张气氛中，时钟指向了中午，此时酒店突然停电。当灯光再次亮起之时，新一却发现身边的小兰消失了…