克林贡关键的能源基地普拉西斯卫星发生了爆炸，并破坏了克隆那斯的大气层。在无力继续维持敌对关系的窘境下，克林贡帝国决定与星际联邦议和。星际舰队派出联邦星舰进取号-A与克林贡首相戈尔康会合，并护送他前往地球谈判。这个决定让詹姆斯?柯克舰长感到不快，他的儿子正是被克林贡人谋杀的。（见《星际旅行03：石破天惊》）

柯克舰长与戈尔康乘坐的克隆那斯一号战列巡洋舰会合于克林贡边界，并在进取号上宴请了这位克林贡首相和其他的客人。宴会进行得并不愉快，人类与克林贡人因为许多因素而发生了争吵。

在前往地球的途中，宴会结束后的某个时刻，进取号看似向毫无防卫的克隆那斯一号发射了一对鱼雷，对克林贡巡洋舰造成了严重的损害。在这场不幸事件中，两名身着星际舰队宇航服和磁性靴的人传送上了克隆那斯一号，并刺杀了戈尔康。柯克舰长宣布进取号投降，与麦科伊医生一同被传送到了克隆那斯一号并竭力抢救首相。但他们不幸失败，被指控犯罪（柯克被指控下令攻击；麦科伊被指控未能抢救回首相）并带回克隆那斯受审。戈尔康的女儿阿泽特巴尔续任新的首相，她希望外交谈判能继续进行。出于安全考虑，会议改在中立区进行，并对公众、大部分星际舰队与克林贡军官保密地点。

在克隆那斯星上一场摆样子公审（show trial）后，柯克与麦科伊被带到了鲁拉?彭塞（Rura Penthe）星集中营，一个强迫劳动营地。在那里他们遇见了一位名为马蒂娅的变形人，她向他们提供了一个逃跑的方法。在穿越了一片冰天雪地的荒凉地区后，马蒂娅出 卖了他们。但是，成功穿越了克林贡边界守卫的进取号，及时地将二人传送上舰并逃出了边界。

柯克随后联系了联邦星舰精进号的舰长光?苏鲁，从他那得知了和平会议的地点。两艘船从联邦领空两侧，以最大曲速驶向会议的地点基度玛行星。在快到行星的时候，进取号被张将军率领的一艘改造的克林贡猛禽舰攻击——它可在隐形状态下开火，原来这艘船才是攻击克隆那斯一号的元凶。在进取号与之苦战之时，苏鲁率领精进号赶到。在精进号的掩护下，进取号发射了一颗可追踪克林贡舰船的，由斯波克与麦科伊改造的光子鱼雷，直接命中张的星舰。在获知对方位置后，精进号与进取号向猛禽舰猛烈开火，并摧毁了它。

两艘船派出的小队传送到了会议现场，阻止了针对联邦总统的暗杀，杀死暗杀者并逮捕了其余同谋者。在船员们最后的一次兜风后，进取号-A将回到地球并退役。