公元24世纪， 星际联盟战火再起。 波格人再次入侵，挑起战争。地球护卫舰企业号是星盟最好的战舰，然而因为舰长路求达·皮尚鲁曾经被波格人俘虏，险些被同化， 因此总部反而调企业号远离波格人战场。 但是，星盟战舰抵挡不住波格方块的进攻，皮尚鲁船长毅然下令违抗命令，进行缓救。企业号救出了伊华星球战舰船长胡先生，并在皮尚鲁的指挥下摧毁了波格方块。但剩余的波格人却制造了时空逆转漩涡， 回到了21世纪，妄图改变历史，将地球全部同化成半人半机械的波格人，轻而易举地统治银河系。 皮尚鲁船长毅然下令跟随波格人回到21世纪，并彻底将之消灭，不料在穿越瞬间，虽然摧毁了波格战机，但残留的波格人却趁企业号保障失效的时间侵入了企业号，并建立了基地，逐步同化企业号。21世纪的地球第三次大战刚结束，到处一片废墟，但却有高钢博士发明了凤凰飞船，并作了首次光速试飞，从而改写了人类未来的历史，并赢得了50年的和平。波格人利用时空转移就是想破坏高钢的计划，让地球从此就被它们控制。企业号的船员必须一面同舰上的波格人斗争，另一方面保护并帮助高钢博士完成实验试飞。企业号在皮尚鲁的带领下，粉碎了一次又一次波格人的阴谋和进攻。但最终因为波格人对所有武器都产生了适应度，企业号几乎全部被攻占。迫不得已之下，皮尚鲁下令毁船，将波格人全部歼灭。被俘的电脑人“数据”巧妙地利用了敌人的自大，成功了挽救了飞船并释放出气体，摧毁了波格人半人的有机体，使它们变成了一堆废钢。高钢博士的试飞终于成功了。皮尚鲁欣尉地看着人类又将进入和平景象，他又率领企业号向未来29世纪进军了。