故事介绍：
遥远的未来，生活在行星上的一些人类开始发生了类似newtype的变化，他们被称为新人类“coordinator”。很快，人们渐渐接受了新人类这一特殊的存在。
由于经济方面的压榨引起了行星人的新人类不满，在长期酝酿之后，由新人类行星组成的“Z.A.F.T.”（扎夫特）和地球联邦的对立日渐明显，终于，在C.E.（Cosmic Era，宇宙世纪）70年2月11日，双方放弃了所有的外交势力，撕下脸皮开始了军事行动，惨烈的宇宙战争自此爆发。
开战一年后，在中立的资源卫星国家赫立奥波利斯上发生了一场战斗，为了夺取“大西洋联邦”秘密研制的新型高性能机动战士“高达”，扎夫军队的机动战士部队空袭了地球联邦军。这个冒险的军事行动由于而死策划充分而且行动迅速，打了地球联邦军一个措手不及，五台高达被抢走四台。。。。
少年基拉.亚马托和好朋友阿斯兰.萨拉都是生活在行星上的新类少年，他们从小类少年，他们人类少年，他们从小信在一起，对未有着同样的梦想。后来阿斯兰加入了扎夫特军队，成为了一名机动战士驾驶员。在这次的行动中，阿斯兰便是其中的一名特攻队员。而此时的基拉还只是一名工业学校的学生，在扎夫特军的突袭下，为了保护身边的亲人和朋友，他趁乱登上了还未被抢走了剩下了一台机动战士“Strike Gundam”（强击高达），开始以一机对抗扎夫特军的四台高达，其中包括好友阿斯兰的Aegis Gundam（守护高达），从此，两位曾经的好朋友分属两天对立阵营，踏上了不归路……