折腾了整整一个季度，迈可尔再次展开他的“铁窗之旅”。与狐狸河监狱不同，巴拿马的索纳简直可以称得上是炼狱。穷凶恶极的罪犯们长期生活在一个完全没有警卫管辖的地方，“适者生存”绝对是索纳监狱的求生准则。马洪，巴里克，迈可尔同时被丢进索纳。失去了白色小药丸的马洪变成了无助的井底之蛙；狂嚣的巴里克此时沦为了罪犯们的玩物，连一向从容镇定的迈可尔眼里也透露着一丝恐惧。风水轮流转，此番轮到大蛮牛林肯隔着铁丝网与被囚禁的弟弟说话了。

《越狱》第三季增加了4名新角色，两男两女均不是美国人，索纳大哥大路赛罗及其女友索菲亚，巴拿马渔夫惠斯勒，还有疑似幕后黑手“将军”手下的美女苏珊。而在第二季末与林肯，迈可尔失散的莎拉已经确定不会加入第三季的常规演出阵容了。至于神秘的“将军”和林肯的儿子LJ则会在某集中露面。

迈可尔这次的“意外”入狱又将经历怎样的惊心动魄？而迈可尔是否会像大众猜测般与马洪双双联手越狱？至于掉入水中的500万是否从此失去影踪？突如其来的入狱令迈可尔毫无准备，拥有过人才智的他如何才能离开这个人间地狱？再者，“背包”，苏克雷等人又会有何遭遇？

导演信誓旦旦地强调第三季的《越狱》绝对是比前两季都精彩的。监狱内压抑紧张的生活和狱外的逃亡旅程使得第三季成了前两季的综合版。此外，女性角色的加入使得阳刚气十足的越狱多了几分艳色柔情。大哥林肯更在本季中享受到两次床第之欢，令观众更加好奇掺入男女感情关系的《越狱》会有怎样的走向。