平凡的小学3年级女生奈叶，在一次偶然的情况下遇到了来自异世界的尤诺，从而掌握了魔法的力量。那因为是他挖掘到太古遗产(平行次元中存在的高度科技的文明的遗产)“宝石之源”分散到“这个世界”。知道了这个情况的高町奈叶，成为与尤诺一起收集宝石之源然后封印。在围绕着异世界的神秘遗产的战斗中，她与引领自己得到魔法能力的尤诺成为了好朋友，结识了一起为自己的战斗提供支援的时空管理局的人们，并且与异世界的少女菲特在曾经的战斗中结下深厚的友情。战斗结束后，半年过去了，奈叶一边在宁静的生活中继续练习着魔法，一边期盼着和朋友们的再会。突然有一天，她遭到了神秘人物的袭击，在随后出现的菲特的帮助下，两人终于击退了敌人，可是奈叶的魔力却被夺走了。原来这是一群阴谋计划完成禁断的魔导书“暗之书”的人在四处收集魔力。两人随后结识了掌握宿命之匙的少女八神疾风，三个少女一同勇敢面对命运的争斗……
舞台为前作10年后，在航空机场陷入火海之际，少女昴被时空管理局的魔导师所救。4年后，她成为了管理局的陆战魔导师，并崇拜着自己的救命恩人，时空管理局武装队·航空战技教导队所属战技教导官，空之魔导师中的超S级人物，高町奈叶一等空尉......