剧场版的故事是发生在TV版后的2年。
在TV版的大结局中，艾尔使用了贤者之石救回被Envy（安比、恩维）杀了的爱德而牺牲自己，爱德以7角炼成阵发动炼成，在门中把艾尔的身体和灵魂再构筑后，在守着自己的肉体和精神的状态下被冲到门的另一边，即现实世界（慕尼黑1921年）去。
两兄弟被分隔于现实世界和炼金术世界，他们个别寻求重逢的方法。
§现实世界～慕尼黑 Munich 1923年§
爱德被散去现实世界西历1921年的德国慕尼黑。
这时正是第一次世界大战后，德国正处于因为战败带来的贫穷和动荡中。
在不能使用炼金术的世界，爱德前往研究火箭工学，遇上了一名貌似弟弟艾尔的少年Alphonse Heiderich，并且和他一起研究火箭工学。
经过了2年的努力，仍然不能回去原本世界，这令爱德焦燥起来。
但就在此时，爱德从名叫马布斯（マブセ、Mabuse）的男人打听到有关“巨大的蛇”的传闻，这令爱德想起了通过了门变成龙的人造人Envy。
Shambala在佛教中是一个世外桃源的理想乡，当时活跃于慕尼黑的神秘右翼组织‘Thule协会’，主张“谁能征服了Shambala，谁就能统治世界”，所以它们也在追寻Shambala的关键－－龙的下落以及另一个关键－－拥有看到他人梦境能力的少女诺亚。
爱德在嘉年华会中，救助了被Thule协会追捕的诺亚。
究竟爱德回去的关键最后会怎样呢？
两兄弟重逢的心愿，交错着摇动两个世界的前所未有的大事。
“二人约定之日，世界摇动”