高中生侦探——工藤新一在一次与他的青梅竹马毛利兰到游乐场约会的时候，新一看到两个黑衣人进行非法交易，而被另一个黑衣人从后面击昏。并给他喂下犯罪组织新研制出来的毒药。当他醒过来的时候居然变成了小孩的模样。为了得到黑社会组织的情报，新一谎称自己是阿笠博士的远房亲戚“江户川柯南”，且寄宿到小兰家——毛利侦探事务所……