从江户时代到明治，随着新政府的西洋近代化方针的推行，日本发生了翻天覆地的变化。故事的舞台是正在召开［万国大博览会］的明治新京都。街上除了随处可见的披散着头发，梳着明治维新以前的发髻，穿着和服的日本人和穿着洋装的日本人和外国人外，佩戴着［许可证］的妖怪也在四下飞奔着。

　　登录到由官方发行的妖怪人别帐里的妖怪人，在得到由官方发放的许可证后，可以和人类一起生活。其中，有一个专门逮捕没有得到许可证的妖怪人，以此来捍卫京都的治安的集团在奋斗着。他的名字就是株式会社新撰组。另一方面，时代巨变下杂乱无章的京都中，和伙伴妖怪猫丸一起刚从上海回来的青年出现了。他名叫坂本龙之介，是明治维新的英雄－—坂本龙马的儿子……