故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满１０岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得小精灵使用权，并从大木博士手中领取一只小精灵。 小智为了要成为一流的小精灵训练家，而必须踏上修行的旅程接受考验．不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它人晚了一步．好不容易从博士那里领来没有人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。就在前往下一站常磐市的途中，他们遇上了麻烦！皮卡丘被野生小精灵突袭，危在旦夕......
小智：
　　男主角，生于真新镇，出发时是10岁。他朝气逢勃，目标是成为世界第一的神奇宝贝训练师。他有骨气，有自信，不会半途而废，有毅力，总是坚持到底，凭着一份信任小精灵的心态参加了多次联盟大会，最终他取得了一次次辉煌的成绩........
　　特征：脸蛋上有“z”型标志。没有任何恋爱细胞。
　　皮卡丘：
　　这只皮卡丘拥有比其它皮卡丘更强大的电力。在初代第一话中，小智因为睡懒觉，3只主精灵已经被其他人拿走了，只有皮卡丘因为被当成危险品，所以没被拿走，而小智只好拿皮卡丘了。一开始，它对小智的印象很差，不过，后来因为特别的原因，两个人关系开始密切，现在已进入到形影不离的地步了。与小智的亲密度为99.8%，原则是绝不进化。
　　小霞：
　　可爱，善良是她的性格，外加一点泼辣，但是小霞泼辣的原因不是为了小智就是遇到讨厌的人或一些不公平的事，其实还是很温柔的女孩，属于成熟型。目标是水系小精灵大师，虽然经验不是很多，但是很坚强，有自信，十分有战斗力。城都联盟篇之后顶替姐姐任浅蓝市（或华蓝市）道馆馆主。
　　小刚：
　　小刚曾是深灰市的道馆馆主。他与小智打完道馆赛后，多次与小智一起旅行。目标是小精灵饲育家的他很擅长家务和料理，而且比其他人更了解小精灵的知识。小刚很迷恋年龄比他大的女生，不过每次都被拒绝。