遥远的未来，生活在行星上的一些人类开始发生了类似newtype的变化，他们被称为新人类“coordinator”。很快，人们渐渐接受了新人类这一特殊的存在。



少年基拉.亚马托和好朋友阿斯兰.萨拉都是生活在行星上的新类少年，他们人类少年，他们从小信在一起，对未有着同样的梦想。后来阿斯兰加入了扎夫特军队，成为了一名机动战士驾驶员。在这次的行动中，阿斯兰便是其中的一名特攻队员。而此时的基拉还只是一名工业学校的学生，在扎夫特军的突袭下，为了保护身边的亲人和朋友，他趁乱登上了还未被抢走了剩下了一台机动战士“Strike Gundam”（强击高达），开始以一机对抗扎夫特军的四台高达，其中包括好友阿斯兰的Aegis Gundam（守护高达），从此，两位曾经的好朋友分属两天对立阵营，踏上了不归路……