舞台は西暦2059年。
かつて巨大な異星人との星間戦争で滅亡の危機に瀕した地球人類は、種の存続を主眼に置き、新天地を求めて銀河の各方面へと旅立っていった。
数えて25番目となる超長距離移民船団「マクロス?フロンティア」。
そこでは、新?統合軍による戦闘艦と一体化した居住艦を中心に、1000万人以上が暮らしている。
何ら地球上と変わらない環境が人工的に作り出された宇宙船は、銀河の中心付近を航行していた...。

そんな「フロンティア」船団に、近隣の「マクロス?ギャラクシー」船団出身のアイドル?シンガー「シェリル?ノーム」がコンサートのために来艦する。
シェリルは銀河ネットワークのヒットチャートで常に上位にランクインする誇り高きトップ?アイドルである。

そんなシェリルにあこがれる少女がいた。その少女の名は「ランカ?リー」。
ランカは中華レストランでアルバイトをする、ごく普通の女子高生。
彼女の身寄りは、年のはなれた兄オズマ一人だけ。
オズマは特殊な軍事部隊*Sでバルキリー部隊を率いる精鋭パイロットだった。だが、妹思いのオズマは自分が危険な戦闘機乗りであることを隠していた。ランカは念願だったシェリルのコンサート会場に急ぐ途中、パイロット養成コースの高校生「早乙女アルト」と出会う。
学園生活の中でのありふれた偶然の出会い...。

と、そんな中、突如フロンティアは未知なる敵と遭遇。
しかも敵は地球人でも異星人でもなく、未知の宇宙生物。次々とダメージを受ける新?統合部隊。それは新?統合軍のVF部隊をも脅かす強力な攻撃能力を持っていた。だが、宇宙生物は市民たちの居住エリアに侵入。
事態の収拾に、オズマ率いる*SのVF-25部隊が出動した。
果たして宇宙生物の数は?能力は?目的は?

そして人類は何を選択するのか???？！