《MAJOR》的故事讲的是，身为职业棒球选手儿子的吾郎立志成为MAJOR联盟选手的故事。第3系列，从吾郎辞去海堂高中，进入没有棒球部的圣秀高中开始。吾郎为了打败海堂，打算联合了一些男生组建了新的棒球部。但是同班同学的藤井、田代等人对棒球都没有兴趣。于是，吾郎开始斟酌着让他们加入棒球部的方法……
几经周折后，新的棒球部被学校承认，吾郎和7个男子全体人员在形式上成为了棒球部的队员。可是，棒球部的教练山田先生计划了队伍一次又一次的试炼，这些试炼究竟是什么呢……之后，吾郎3年级的春季，新生大河作为第9个队员加入了棒球部。圣秀棒球部参加了对于吾郎而言最后的夏季棒球大会。当然，在同一所高中垒球部努力的清水、作为吾郎父母的茂野和桃子看着吾郎进走上了自己梦想之路，并一直默默支持着吾郎。最终，吾郎和圣秀棒球队是否能够从最严峻的神奈川预选中脱颖而出，打败拥有寿也、眉村这些当年的同伴带领的史上最强的海堂高中呢？吾郎巨大的挑战，如今开始了！